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据了解，虽然按《新疆棉花目标价格改革试点工作实施方案》(以下简称《方案》)要求棉企收购棉农、植棉单位的籽棉时需由交售方提供“两证”——身份证、种植证明，但截至10月13日南疆大部分棉区农民、植棉单位还没有拿到种植证明，收购时阿克苏、巴楚、库尔勒等地的加工企业大多复印了农民或植棉单位的土地承包合同、乡村发放的自留地合同，是否符合《方案》规定目前各地区、县农业部门也没有明确说法。
一些加工企业表示，一旦种植证明发放，企业需要重新按收购票据为交售籽棉的农民、种植单位补办手续，不仅工作量大且对产量统计的准确性也有影响。
从表面上看库尔勒棉区今年南疆籽棉收购价格最稳定，衣分40%、水分11%以内籽棉收购价从5.50-5.60元/公斤上涨至5.70-5.80元/公斤，至10月13日最高收购价6.00元/公斤，20多天仅上涨了0.20元/公斤，但实际上5.70-5.80元/公斤仅是加工企业给农民承诺的“保底价”，一旦后市籽棉收购价高于5.80元/公斤，棉企将给农民、植棉单位进行“二次结算”。近日阿克苏沙雅、阿瓦提、柯坪、西大桥等地的一些棉企从库尔勒尉犁、普惠等棉区调运籽棉，加上0.45-0.50元/公斤装车费和运输费，衣分40%籽棉到厂价6.15-6.20元/公斤，仍低于当地和从喀什等地调运的籽棉价格。
随近几日皮棉现货价格在南疆阿克苏、巴楚等地监管库站台提货价上涨200-300元/吨，内地部分中小棉纺织企业要货非常紧急，加上担心从预约入库到出库销售耗时较长，一些“目标价格改革试点加工企业”直接在厂内销售现货而不入监管库的操作也相应上升，某棉企表示，入监管库的各项费用加上短倒的费用约200元/吨，直接从厂内毛重提货则可节省下来这200元/吨。因为国家退出收储政策，棉花重回市场经济，买卖双方更看重皮棉的实际品质和加工质量，公检指标数据仅作为一个参考数据。但有关部门表示，不入库公检将无法申请棉花出疆运输补贴(500元/吨)，棉企虽然“抄了近路”，但收益却不一定会好。
受郑棉CF1501、CF1503合约连续两日反弹；内地一些中小棉(中大布料zd84.com中大布市)纺织厂及经营商积极询价、采购监管仓库新棉以及棉企抢收造成籽棉收购价反弹0.20-0.30元/公斤等的推动，13日疆内2128、3128混级棉的站台报价从13800-14000元/吨(毛重，下同)上涨至14300-14500元/吨，2128级比例达到50%以上的皮棉报价14600-14800元/吨，但14500元/吨以上用棉企业接货的热情不高。由于棉籽收购价“越抬越高”，农民“卖跌不卖涨”的心态突出，一些棉企预计籽棉收购价仍将有0.20-0.30元/公斤的反弹空间，不过最高价高于7.0元/公斤的可能性较小，因此皮棉站台销售价突破15000元/吨很困难。
