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棉花根系较深，短期积水对植株不会造成较大的伤害，长时间积水会对根系造成严重伤害，并由此严重影响棉花的正常生长发育，直至死亡。涝灾发生后要采取以下管理措施：
及时排除积水棉田淹水后，首先要及时排除田间积水，同时将淤塞的支沟、毛沟进行清理，降低地下水位，以利棉株恢复生长。遭遇大面积强降水，开挖和疏通排水沟渠是抗灾防涝的前提。
及时扶苗要边退水边扶苗，将棉叶、茎秆上的淤泥清洗干净，使棉叶尽快恢复正常的呼吸和光合作用。如退水过快，无水可洗时，可采用喷雾器淋洗。对水淹后东倒西歪的棉株，要小心地将棉株扶正，并培土稳棵，使植株直立生长，以改善棉田的通风透光条件。
及时中耕松土棉田积水后土壤易板结，恶化根系环境，因此，排水后宜及早中耕，以改善土壤通透性，促进根系发育。中耕也利于散墒，降低土壤湿度。
科学追施肥料排水后往往造成土壤养分的流失，因此要适当追肥，补充土壤营养。棉株受损较轻的，要及早重施花铃肥，巧施盖顶肥。配合施用钾肥，提倡施用棉花配方专用肥，做到开沟深施。
注意化控和及时修棉棉花受涝后易引起蕾铃脱落，导致营养生长过旺，生殖生长失调。对此，要加强化控措施，同时要加强整枝修棉，减少新生叶枝和赘芽。
加强病虫害综合防治阴雨天气较多，棉花易发生病害，要及时采取防治措施。
